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    基于生物質譜的功能蛋白質組學服務
    2021-06-30 文章來源:市場部 瀏覽量:1384 分享到:



           自2018年推出基于生物質譜的蛋白質組學技術服務以來,依托美國資深質譜平臺,維百奧生物面向科研學術機構、生物技術企業和醫療領域提供一站式整合蛋白組學研究策略。由海內外資深蛋白組學研究團隊精心設計實驗方案、質譜科學家親力完成質譜定量與分析流程,以專業、高效、系統的個性化蛋白組學服務理念為您的科研助力,給您的研究領域帶來突破性進展。

    【服務項目】



    【Why Choose Us?】

    1. 基于Thermo Orbitrap Eclipse等高靈敏度、高分辨率質譜平臺,整個實驗流程以及數據分析過程由蛋白組資深研究團隊親力設計,團隊成員均擁有十年以上的蛋白組學分析經驗,平臺服務目前已發表高水平SCI論文超過百篇。

    2. 蛋白組學的難點在于混合物的液相分離,我們具備成熟的二維、三維液相分離技術,強大的分離技術使我們在高等真核生物的蛋白組定量研究中,可被定量的蛋白質數量常達到10000個以上,目前最高紀錄是利用化學標記技術實現組織中近20000個蛋白質的定量分析;而國內一般質譜服務平臺僅可以定量到3000~6000個蛋白質,實現TMTpro16個樣本MS3水平的精準定量分析;同時,通過整合基因組和轉錄組數據,我們可以開展臨床或農業群體樣本的整合蛋白組學分析工作以及宏蛋白組分析。

    3. 在定量分析過程中,提供豐厚的組分數目和質譜機時,約為國內一般質譜服務平臺的2~3倍,這為獲得蛋白組定量的高覆蓋率和測序深度提供了保障。

    4. 擁有極其成熟的主流Transformation后修飾鑒定與定量分析體系,如磷酸化、乙?;?、甲基化、糖基化、泛素化、琥珀?;?、巴豆?;龋ǘ加写罅砍晒Π咐?,結合多維液相分離與富集技術使鑒定與定量的數量遠多于國內質譜服務平臺,達到發表高端學術雜志的數據質量水平。例如,在種子發育階段可以定量超過4萬個磷酸化修飾位點;另外,我們在表觀遺傳學組蛋白修飾等研究領域也具備非常豐富的研究經驗,為Danny Reinberg合作分析平臺。

    5. 在精準醫學、臨床診斷和醫學研究領域,可以為客戶建立個性化靶向追蹤定量研究體系,應用非靶向和靶向蛋白組PRM技術在批量樣本中開展生物標志物篩選與定量分析研究,監測疾病發生、發展和預后以及分子調控機理,并可以進一步將篩選得到的Biomarker開發為質譜臨床檢測產品。

    6. 此外,由于具有強大的技術平臺支撐,我們可以根據客戶的具體需要進行蛋白質組學一些新領域的探索性合作科研與個性化服務。


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    蛋白組體外化學標記定量(iTraq,TMTpro)服務

    樣品量要求:
    蛋白質提取物:濃度>3μg/μl,蛋白質總量 >500 ug;
    細胞樣品:細胞量>10^8 
    組織樣品:濕重>300mg;
    植物樣品:鮮重>2g
    體液樣品:血液體積>500μl

    1. Isobaric tag for relative and absolute quantitation(iTRAQ2~8plex)
    2. Tandem MassTags (TMT2~16plex, MS2-MS3 quantitation) 
    3. 多達16個樣本間蛋白組進行同步質譜定量分析,包括細胞、組織、體液等
    4. 同步標記,同步二維液相分離,減少定量信息損失以及實驗平行性誤差
    5. 通過分級分離,一次試驗實現上萬個蛋白的鑒定和定量
    6. 與修飾抗體結合,實現翻譯后修飾組學的定量分析





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    翻譯后修飾定量蛋白組學

    蛋白翻譯后修飾(PTM)對蛋白質功能的發揮至關重要,目前已知數百種,PTM參與調控蛋白的構象、互作、定位、活性、生成降解等諸多方面,比如我們熟知的組蛋白修飾精準調控了基因組的時空表達,通過修飾的催化、識別、去除構成表觀遺傳的經典調控模式。利用不同種類PTM的識別泛抗體富集修飾多肽并結合質譜鑒定以及定量的方式,目前可以在組學水平觀測不同修飾蛋白組的變化,篩選重要的功能修飾蛋白及位點,如磷酸化、乙?;?、琥珀?;?、精氨酸/賴氨酸甲基化、泛素化、N-糖基化等。



    案例一 精氨酸甲基化蛋白組調控網絡繪制:


    案例二  組蛋白修飾定量分析:


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    蛋白復合體成員鑒定(Co-IP-MS/MS)

    通過Co-IP-MS/MS結合Label-free定量分析,篩選蛋白互作復合體成員及其動態變化。


    樣品量要求:
    細胞樣品:細胞量>10^7 
    組織樣品:濕重>300mg
    植物樣品:鮮重>2g
    體液樣品:血液體積>500μl


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    翻譯組(Ribo-Seq +MS)解決方案

    Ribo-seq(Ribosome profiling),即核糖體印跡測序技術,可以在全基因組水平上讀取核糖體的位置信息,其分辨率高達單堿基水平。Ribo-seq數據可用于分析mRNA的翻譯效率、鑒定新型蛋白編碼基因、檢測上游開放閱讀框uORF、評估稀有密碼子對翻譯延伸的影響等,從而全方位解析翻譯調控的分子機制。

    翻譯組解決方案:裂解細胞后在細胞裂解液中加入RNase,消化不受核糖體保護的mRNA,分離單一核糖體并提取純化核糖體中未被消化的短片段mRNA,進行建庫測序和相應的數據分析。同時,將Ribo-seq結合定量質譜MS分析,可以平行對翻譯組及蛋白組的動態變化進行監測,全面系統探索mRNA翻譯水平的調控機理,篩選重要應答產物。翻譯組與蛋白組在整合組學水平關聯分析具有較高的相關性,完美解決了以往通過轉錄組數據與蛋白組相關聯得到的相關性較差的問題。



    成功案例:



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    蛋白組草圖與群體蛋白組學(Proteome Atlas)

    樣品量要求:
    蛋白質提取物:濃度>3μg/μl,蛋白質總量 >2 mg;
    細胞樣品:細胞量>10^8 ;
    組織樣品:濕重>300mg;
    植物樣品:鮮重>1g
    體液樣品:血液體積>500μl

    基于三維液相分離,利用Shot-gun方法大規模鑒定物種蛋白組組成, 覆蓋超過物種基因組編碼的~50%蛋白質。同時,通過DIA(Data independent analysis)技術可以對群體樣本進行蛋白組學定量分析。


     
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